Grant: Engage Grants Program
Université du Québec à Rimouski
$24,606.00
Identifications d'espèces aquatiques par l'ADN environnemental
FY 2015-16
Summary
Ce projet ENGAGE consiste à développer des outils novateurs basés sur l'ADN pour l'identification d'espèces
de poissons. La compagnie, groupe AIM, effectue de nombreuses études d'impact qui nécessitent des pêches
invasives dans plusieurs lacs afin de dresser un inventaire des espèces présentes. Ces études d'impact sont
longues et coûteuses pour la compagnie puisqu'il faut rester sur place quelques jours pour effectuer ce travail.
De plus, certaines espèces de poissons s'enfouissent dans la vase et ne sont pas bien détectées avec les outils de
pêches traditionnels, ce qui entraine une sous-estimation de la biodiversité. Une nouvelle technique basée sur
l'ADN environnemental (ADN provenant du mucus et/ou écailles de poissons et qui est présent dans l'eau)
pourrait révolutionner ces études d'impact et faciliter grandement le travail de la compagnie. Dans le cadre de
ce projet, cinq lacs seront échantillonnés par pêche traditionnelle et les différentes espèces de poissons y seront
dénombrées. Une partie de la nageoire adipeuse ou de morceaux de chaire d'un individu de chaque espèce sera
prélevé afin de servir de contrôle positif. Deux litres d'eau seront prélevés à 20 localisations de chaque lac.
L'ADN présent dans l'eau sera extrait et amplifié en utilisant des amorces spécifiques aux différentes espèces
de poissons. Des tests d'amplifications seront réalisés au préalable sur les contrôles positifs afin de s'assurer de
l'efficacité des amorces. Les produits de l'amplification de l'ADN présent dans l'eau seront séquencés afin de
s'assurer que le produit amplifié correspond à la portion de gènes de l'espèce en question. Une comparaison
entre les résultats tirés de la pêche traditionelle (présence et abondance des différentes espèces de poissons) et
des analyses d'ADN en laboratoire permettront de déterminer si toutes les espèces ayant été pêchées dans les
lacs ont laissé des traces d'ADN dans l'eau et ont ainsi pu être détectées par PCR et à partir de quelle densité il
est possible d'obtenir un signal dans l'eau . Ce projet constitue une opportunité unique de développer des outils
rapides et précis pour le suivi environnemental et de permettre à l'entreprise, groupe AIM, de se démarquer au
niveau des études d'impact.
Program
Engage Grants Program
Recipient
Location
Quebec, Canada
Recipient Type
Academia
Type
Grant
Source
NSERC's Awards Data
As published
Application id
485899-2015
Name nom
Dufresne, France
Department département
Biologie, Chimie et Géographie
Organization id
58
Institution établissement
Université du Québec à Rimouski
Province en
Québec
Province fr
Québec
Country en
CANADA
Country fr
CANADA
Fiscal year exercice financier
2015
Competition year année de concours
2015
Award amount
24606
Program id
EGP
Program name en
Engage Grants Program
Program name fr
Programme de subventions d'engagement partenariat
Group en
Research partnerships programs
Group fr
Programmes de partenariat
Committee code
1552
Committee name en
Quebec Internal Decision Committee
Committee name fr
Comité de décision interne pour le Québec
Area of application code
400
Area of application group en
Environment
Area of application group fr
Environnement
Area of application en
Environment
Area of application fr
Environnement
Research subject code
4702
Research subject group en
Evolution and ecology
Research subject group fr
Évolution et écologie
Research subject en
Aquatic ecology and limnology
Research subject fr
Écologie aquatique et limnologie
Partie
1
Nb partie
1
Application title
Identifications d'espèces aquatiques par l'ADN environnemental
Keyword
NSERC
Application summary
Ce projet ENGAGE consiste à développer des outils novateurs basés sur l'ADN pour l'identification d'espèces
de poissons. La compagnie, groupe AIM, effectue de nombreuses études d'impact qui nécessitent des pêches
invasives dans plusieurs lacs afin de dresser un inventaire des espèces présentes. Ces études d'impact sont
longues et coûteuses pour la compagnie puisqu'il faut rester sur place quelques jours pour effectuer ce travail.
De plus, certaines espèces de poissons s'enfouissent dans la vase et ne sont pas bien détectées avec les outils de
pêches traditionnels, ce qui entraine une sous-estimation de la biodiversité. Une nouvelle technique basée sur
l'ADN environnemental (ADN provenant du mucus et/ou écailles de poissons et qui est présent dans l'eau)
pourrait révolutionner ces études d'impact et faciliter grandement le travail de la compagnie. Dans le cadre de
ce projet, cinq lacs seront échantillonnés par pêche traditionnelle et les différentes espèces de poissons y seront
dénombrées. Une partie de la nageoire adipeuse ou de morceaux de chaire d'un individu de chaque espèce sera
prélevé afin de servir de contrôle positif. Deux litres d'eau seront prélevés à 20 localisations de chaque lac.
L'ADN présent dans l'eau sera extrait et amplifié en utilisant des amorces spécifiques aux différentes espèces
de poissons. Des tests d'amplifications seront réalisés au préalable sur les contrôles positifs afin de s'assurer de
l'efficacité des amorces. Les produits de l'amplification de l'ADN présent dans l'eau seront séquencés afin de
s'assurer que le produit amplifié correspond à la portion de gènes de l'espèce en question. Une comparaison
entre les résultats tirés de la pêche traditionelle (présence et abondance des différentes espèces de poissons) et
des analyses d'ADN en laboratoire permettront de déterminer si toutes les espèces ayant été pêchées dans les
lacs ont laissé des traces d'ADN dans l'eau et ont ainsi pu être détectées par PCR et à partir de quelle densité il
est possible d'obtenir un signal dans l'eau . Ce projet constitue une opportunité unique de développer des outils
rapides et précis pour le suivi environnemental et de permettre à l'entreprise, groupe AIM, de se démarquer au
niveau des études d'impact.
