Grant: Travel Awards - Institute Community Support
Université Laval
$1,200.00
Identification de variations potentiellement pathogènes dans 9 gènes candidats pour la bicuspidie valvulaire aortique
EF 2014-15
Résumé
OBJECTIFS. La bicuspidie valvulaire aortique (BVA) est l'anomalie congénitale cardiaque la plus fréquente, mais son étiologie et ses fondements génétiques sont largement incompris. Pour améliorer l'état des connaissances sur les composantes génétiques contribuant au développement et à la progression de la BVA, nous avons cherché à identifier les variations génétiques dans neuf gènes candidats en utilisant le séquençage nouvelle génération puis à évaluer leurs effets pathogènes avec des analyses bio-informatiques.
MÉTHODES. L'ADN génomique de 48 Canadiens français avec BVA fut séquencé avec le Ion Torrent PGM pour neuf gènes candidats : NOTCH1, AXIN1, EGFR, ENG, GATA5, NKX2-5, NOS3, PDIA2 et TGFBR2. Une sélection de polymorphismes identifiés par le séquençage nouvelle génération fut confirmée par séquençage Sanger. Les effets pathogènes de tous les polymorphismes furent évalués à l'aide de la méthode Combined Annotation Dependant Depletion (CADD).
RÉSULTATS. Un total de 217 polymorphismes furent identifiés par le séquençage nouvelle génération, incluant 16 variations génétiques jamais caractérisées à ce jour qui furent ensuite confirmées par séquençage Sanger. Parmi celles-ci, une mutation changeant un acide aminé dans NOTCH1 (p.G152S) et considérée comme hautement délétère fut identifiée chez un patient. Dix-huit polymorphismes déjà connus furent également classifiés comme potentiellement pathogènes.
CONCLUSIONS. Seize nouveaux polymorphismes furent identifiés et confirmés dans neuf gènes candidats pour la BVA chez 48 patients. Une nouvelle mutation dans NOTCH1 et plusieurs autres furent évaluées comme potentiellement pathogènes. Des analyses supplémentaires sont en cours pour évaluer les fréquences et les impacts fonctionnels de ces variations. Identifier les variations génétiques causant la BVA pourrait ultimement permettre le dépistage chez les familles à risque, la prédiction de la progression de la pathologie et la personnalisation des traitements.
Programme
Travel Awards - Institute Community Support
Bénéficiaire
Emplacement
Quebec, Canada
Type de bénéficiaire
Academia
Type
Grant
Source
CIHR Funding Decisions Database
Tel que publié
Id
324440
Name
Dargis Natasha
Region
Québec
Country
Canada
Orgtype
Institution Paid; Research Institution
Instname2
Circulatory and Respiratory Health
Theme2
Biomedical
Prcname2
Institute of Circulatory and Respiratory Health
Projecttitle
Identification de variations potentiellement pathogènes dans 9 gènes candidats pour la bicuspidie valvulaire aortique
Programtype2
Undefined
Orgnameinp2
Université Laval
Cihramount2
$1,200
Cihrequipment2
$0
Programname2
Travel Awards - Institute Community Support
Keyworddelim
Bourses De Voyage D'Aci
Abstract
OBJECTIFS. La bicuspidie valvulaire aortique (BVA) est l'anomalie congénitale cardiaque la plus fréquente, mais son étiologie et ses fondements génétiques sont largement incompris. Pour améliorer l'état des connaissances sur les composantes génétiques contribuant au développement et à la progression de la BVA, nous avons cherché à identifier les variations génétiques dans neuf gènes candidats en utilisant le séquençage nouvelle génération puis à évaluer leurs effets pathogènes avec des analyses bio-informatiques.
MÉTHODES. L'ADN génomique de 48 Canadiens français avec BVA fut séquencé avec le Ion Torrent PGM pour neuf gènes candidats : NOTCH1, AXIN1, EGFR, ENG, GATA5, NKX2-5, NOS3, PDIA2 et TGFBR2. Une sélection de polymorphismes identifiés par le séquençage nouvelle génération fut confirmée par séquençage Sanger. Les effets pathogènes de tous les polymorphismes furent évalués à l'aide de la méthode Combined Annotation Dependant Depletion (CADD).
RÉSULTATS. Un total de 217 polymorphismes furent identifiés par le séquençage nouvelle génération, incluant 16 variations génétiques jamais caractérisées à ce jour qui furent ensuite confirmées par séquençage Sanger. Parmi celles-ci, une mutation changeant un acide aminé dans NOTCH1 (p.G152S) et considérée comme hautement délétère fut identifiée chez un patient. Dix-huit polymorphismes déjà connus furent également classifiés comme potentiellement pathogènes.
CONCLUSIONS. Seize nouveaux polymorphismes furent identifiés et confirmés dans neuf gènes candidats pour la BVA chez 48 patients. Une nouvelle mutation dans NOTCH1 et plusieurs autres furent évaluées comme potentiellement pathogènes. Des analyses supplémentaires sont en cours pour évaluer les fréquences et les impacts fonctionnels de ces variations. Identifier les variations génétiques causant la BVA pourrait ultimement permettre le dépistage chez les familles à risque, la prédiction de la progression de la pathologie et la personnalisation des traitements.
Competitiondate
201501
Approvedterm2
1 yr 0 mth
Pinamesdelim
Dargis, Natasha
Approvedterm
1 an 0 mois
Cihrcontribution2
Inst of Circ &Respiratory Hlth~ $1,200~ $0~