Grant: Travel Awards - Institute Community Support
Université de Sherbrooke
$1,500.00
Prédiction de cibles canoniques et non-canoniques de snoRNA par apprentissage automatisé
EF 2018-19
Résumé
Les petits ARN nucléolaires (snoRNA) sont de petites molécules qui interagissent avec des protéines spécifiques afin d'accomplir une fonction bien caractérisée, appelée canonique, qui est de guider la modification chimique de l'ARN ribosomique. Pour ce faire, une région bien précise du snoRNA reconnait la cible d'ARN, la rapproche des protéines, leur permettant d'exécuter leur fonction. Dernièrement, de nouvelles fonctions ont été découvertes pour les snoRNA, impliquant d'autres protéines, et d'autres régions du snoRNA servent de guide. Celles-ci sont importantes à caractériser puisque bien des évidences indiquent qu'elles sont impliquées dans le syndrome de Prader-Willi, le cancer et le diabète. Nous nous intéressons à leur implication dans le cancer de l'ovaire. Nos résultats préliminaires indiquent un changement important d'abondance pour plusieurs snoRNA dans ce cancer. Mon projet consiste à recueillir toutes les cibles connues de snoRNA, canoniques et non-canoniques, afin de créer un prédicteur de cibles de snoRNA par apprentissage automatisé, ce qui permettra de mieux comprendre les conséquences du changement d'abondance des snoRNA dans le cancer de l'ovaire. Un ordinateur sera entraîné à reconnaître les cibles validées et à discréditer les contrôles négatifs qui lui seront présentés. Le modèle utilisé sera un réseau de neurones artificiels qui apprend de la même manière que nous, c'est-à-dire en reconnaissant certaines caractéristiques qui discriminent entre deux catégories et en leur accordant un poids différent. Une fois cet outil complété, de nouvelles séquences lui seront fournies afin qu'il puisse identifier de nouvelles cibles, semblables à celles avec lesquelles il a été entraîné. Ainsi, nous pourrons prédire les cibles les plus probables des snoRNA dérégulés dans le cancer de l'ovaire, ce qui permettra de les valider et de les caractériser avec des outils de biologie moléculaire, et ultimement de mieux comprendre leur implication dans cette maladie.
Programme
Travel Awards - Institute Community Support
Bénéficiaire
Emplacement
Quebec, Canada
Type de bénéficiaire
Academia
Type
Grant
Source
CIHR Funding Decisions Database
Tel que publié
Id
400201
Name
Deschamps-Francoeur Gabrielle
Region
Québec
Country
Canada
Orgtype
Institution Paid; Research Institution
Instname2
Cancer Research
Theme2
Biomedical
Prcname2
Institute of Cancer Research
Projecttitle
Prédiction de cibles canoniques et non-canoniques de snoRNA par apprentissage automatisé
Programtype2
Undefined
Orgnameinp2
Université de Sherbrooke
Cihramount2
$1,500
Cihrequipment2
$0
Programname2
Travel Awards - Institute Community Support
Keyworddelim
Bourses De Voyage D'Aci
Abstract
Les petits ARN nucléolaires (snoRNA) sont de petites molécules qui interagissent avec des protéines spécifiques afin d'accomplir une fonction bien caractérisée, appelée canonique, qui est de guider la modification chimique de l'ARN ribosomique. Pour ce faire, une région bien précise du snoRNA reconnait la cible d'ARN, la rapproche des protéines, leur permettant d'exécuter leur fonction. Dernièrement, de nouvelles fonctions ont été découvertes pour les snoRNA, impliquant d'autres protéines, et d'autres régions du snoRNA servent de guide. Celles-ci sont importantes à caractériser puisque bien des évidences indiquent qu'elles sont impliquées dans le syndrome de Prader-Willi, le cancer et le diabète. Nous nous intéressons à leur implication dans le cancer de l'ovaire. Nos résultats préliminaires indiquent un changement important d'abondance pour plusieurs snoRNA dans ce cancer. Mon projet consiste à recueillir toutes les cibles connues de snoRNA, canoniques et non-canoniques, afin de créer un prédicteur de cibles de snoRNA par apprentissage automatisé, ce qui permettra de mieux comprendre les conséquences du changement d'abondance des snoRNA dans le cancer de l'ovaire. Un ordinateur sera entraîné à reconnaître les cibles validées et à discréditer les contrôles négatifs qui lui seront présentés. Le modèle utilisé sera un réseau de neurones artificiels qui apprend de la même manière que nous, c'est-à-dire en reconnaissant certaines caractéristiques qui discriminent entre deux catégories et en leur accordant un poids différent. Une fois cet outil complété, de nouvelles séquences lui seront fournies afin qu'il puisse identifier de nouvelles cibles, semblables à celles avec lesquelles il a été entraîné. Ainsi, nous pourrons prédire les cibles les plus probables des snoRNA dérégulés dans le cancer de l'ovaire, ce qui permettra de les valider et de les caractériser avec des outils de biologie moléculaire, et ultimement de mieux comprendre leur implication dans cette maladie.
Competitiondate
201901
Approvedterm2
1 yr 0 mth
Pinamesdelim
Deschamps-Francoeur, Gabrielle
Approvedterm
1 an 0 mois
Cihrcontribution2
Inst of Cancer Research~ $1,500~ $0~